Nakon završetka II. svjetskog rata u Hrvatskoj je, kao i u čitavoj Jugoslaviji, vlast preuzela Komunistička partija zadojena boljševičkom ideologijom, osobito militantnim ateizmom. Nadbiskup Stepinac bio je već 17. svibnja 1945. uhićen, u zatvoru do 3. lipnja. Već sutradan, 4. lipnja, sam ga je Tito u Zagrebu pozvao na razgovor. Iz toga razgovora, a osobito iz razgovora što ga je dva dana ranije Tito vodio s predstavnicima katoličkoga klera u Zagrebu, bilo je jasno da novi režim hoće "narodnu Crkvu", neovisnu o Svetoj Stolici. To je za Stepinca značilo dirnuti u srce katoličkoga jedinstva. Ubrzo se pokazalo da je na djelu planirani žestoki progon Crkve koji se okomio ne samo na biskupe i svećenike nego i na vjernike. Razmahala se neviđena medijska kampanja protiv Crkve, posebno protiv nadbiskupa Stepinca. Ta će kampanja potrajati s različitim intenzitetom sve do povijesnog silaska komunizma s europske političke scene. U rujna 1945. Stepinac je stoga sazvao Biskupsku konferenciju da razmotri novonastalu konstelaciju. Biskupi su 22. rujna izdali pastirsko pismo koje dokumentirano i hrabro iznosi sva nasilja i nepravde što ih je nova vlast počinila u ratno i poratno vrijeme protiv vjere i Crkve, ali i protiv slobode savjesti svojih građana. Uslijedio je još bjesniji progon, usredotočen na zagrebačkog nadbiskupa Stepinca. Počelo je i s tvornim napadima, kao npr. kamenovanje u Zaprešiću kraj Zagreba 4. studenoga 1945. Nakon toga je nadbiskup bio prisiljen da više ne izlazi po pastirskom poslu. U siječnju 1946. vlasti su preko novog papinskog izaslanika Hurleya čak zatražile da ga Sveta Stolica makne iz službe zagrebačkog nadbiskupa.
Nakon sve žešćih pogrda i napada na njegovu osobu, ponovno je uhićen 18. rujna 1946. te je 30. rujna izveden pred već montirani politički sudski proces. Znamenit je njegov govor pred sudom 3. listopada, koji nije samo obrana nego optužnica nepravednog suda i vjeroispovjest za koje je svetinje on spreman položiti i život. Na temelju iznuđenih izjava i lažnih svjedočanstava, čak i krivotvorenih dokumenata, nevin je osuđen 11. listopada 1946. na 16 godina zatvora i prisilnog rada te daljnjih 5 godina lišenja svih građanskih prava. 19. listopada 1946. odveden je na izdržavanje kazne u kazneno-popravni dom u Lepoglavi gdje je bio do 5. prosinca 1951. Bilo mu je doduše dopušteno slavljenje mise i čitanje teoloških knjiga, ali je držan u potpunoj izolaciji, podvrgnut trajnim ponižavanjima i stresovima, a po svoj prilici i trovanju, što je uvelike narušavalo njegovo zdravlje. Po svjedocima u procesu za beatifikaciju bio je na popisu zatočenika osuđenih na likvidaciju. Nakon 1864 dana provedenih u lepoglavskom zatvoru, 5. prosinca 1951. bio je premješten na izdržavanje preostalog dijela kazne u internaciju u rodni Krašić. U zatočeništvu, 12. siječnja 1953. imenuje ga kardinalom papa Pio XII. na što su vlasti prekinule diplomatske odnose sa Svetom Stolicom. Nije mogao u Rim ni po kardinalski grimiz, a po smrti Pija XI. ni u konklave, jer nije bio siguran da će se moći vratiti u domovinu, a htio je po svaku cijenu ostati sa svojim narodom.

U zatočeništvu, i dalje strogo izoliran, razvija apostolat pisanja. Napisao je na tisuće stranica propovijedi i drugih duhovnih sastavaka. Uputio je mnogim biskupima, svećenicima i vjernicima više od 5000 pisama od kojih je sačuvano oko 700. U pismima, kao čovjek žive vjere i nepokolebljive nade te potpunoga predanja Bogu, naslovnike hrabri, tješi i potiče, osobito na ustrajnost u vjeri i u crkvenom jedinstvu. I u tim p tješi i potiče, osobito na ustrajnost u vjeri i u crkvenom jedinstvu. I u tim pismima, kao i na suđenju i u cijelom zatočeništvu pokazuje iskrenu ljubav i prema onim osobama koje su ga progonile i nepravedno optuživale. Molitva za neprijatelje i praštanje svima stalna je tema njegovih izjava i pisama kao i triju oporuka. Od proljeća 1953. godine kobno su se razvijale, već od Lepoglave, "policitemia rubra vera", tromboza nogu i bronhijalni katar. Bio je potreban sustavne bolničke njege, premda su liječnici, strogo kontrolirani od režima, činili sve što su mogli.
Odbijao je svaku povlasticu liječenja koja bi mogla značiti da je pokleknuo pred nepravednim sucima i pred režimom te tako pokolebati kler i druge ljude u vjerničkoj izdržljivosti. Tako su sve teži bolovi postali dio njegova zatočeničkog života, ali je on to strpljivo podnosio sve do smrti.
Sveto je umro 10. veljače 1960. još za vrijeme izdržavanja nepravedne kazne. Umro je kako se to u mučeničkom rječniku kaže "ex aerumnis carceris" - od "zatvorskih tegoba", ali moleći za progonitelje i s Gospodinovim riječima na usnama: "Oče, budi volja tvoja!" Njegov krepostan život i mučeničku smrt Božji je narod prepoznao i častio već za života, a osobito nakon smrti, unatoč komunističkim zabranama i progonima. Blaženim ga je proglasio papa Ivan Pavao II. u Mariji Bistrici 3. listopada 1998. godine. Iza glavnoga oltara zagrebačke katedrale gdje se nalazi grobnica zagrebačkih nadbiskupa pohranjeni su i zemni ostaci bl. Stepinca. Cvijeće i svijeće te zahvale za uslišane milosti po zagovoru bl. Stepinca neprestano rese taj divni prostor jer su hodočasnici prepoznali u njemu osobnog zagovornika kao i zagovornika cijelog hrvatskog naroda.
(Preuzeto iz GK)